รูปแบบการปกครองสมัยอยุธยานั้นแบ่งได้ 3 ระยะตามลักษณะการปกครอง คือ การปกครองสมัยอยุธยาตอนต้น อยุธยาตอนกลาง อยุธยาตอนปลาย
การปกครองสมัยอยุธยาตอนต้น มีลักษณะดังนี้การปกครองระยะนี้เริ่มเมื่อ (พ.ศ.1893-1991 )สมัยพระเจ้าอู่ทองถึงสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 2 แบ่งการปกครองได้ 2 ส่วน
ส่วนที่ 1) การปกครองส่วนกลาง คือการปกครองในเขตราชธานี และบริเวณโดยรอบราชธานีโดยได้จัดรูปแบบการปกครองแบบเขมร จัดหน่วยการปกครองเป็น 4 หน่วย แต่ละหน่วยมีเสนาบดีบริหารงาน ได้แก่ กรมเวียง (ดูแลในเขตเมืองหลวง) กรมวัง(ดูแลพระราชสำนักและพิจารณาคดี) กรมคลัง(ดูแลพระราชทรัพย์) กรมนา (จัดเก็บภาษีและจัดหาเสบียงสำหรับกองทัพ)
ส่วนที่ 2) การปกครองส่วนหัวเมือง แบ่งเป็น 4 ระดับ คือ
1. เมืองลูกหลวง หรือเมืองหน้าด่าน ตั้งอยู่รอบราชธานี 4 ทิศ เช่น ลพบุรี นครนายก พระประแดง สุพรรณบุรี ให้โอรสหรือพระราชวงศ์ชั้นสูงไปปกครอง
2. หัวเมืองชั้นใน อยู่ถัดจากเมืองลูกหลวงออกไป ได้แก่ พรหมบุรี สิงห์บุรี ปราจีนบุรี ฉะเชิงเทรา ชลบุรี ตะนาวศรี ไชยา นครศรีธรรมราช ให้ขุนนางที่กษัตริย์แต่งตั้งไปปกครอง
3.หัวเมืองชั้นนอก หรือหัวเมืองพระยามหานครคือหัวเมืองขนาดใหญ่ห่างจากราชธานีผู้ปกครองสืบเชื้อสายมาจากเจ้าเมืองเดิมหรือตัวแทนที่ราชธานีส่งมาปกครอง
4. เมืองประเทศราช เป็นเมืองที่ยังได้ปกครองตนเองเพราะอยู่ไกลที่สุด มีความเป็นอิสระเหมือนเดิมแต่ต้องส่งเครื่องราชบรรณาการตามกำหนดส่งกองทัพมาช่วยเวลาสงคราม เช่นสุโขทัย เขมร เป็นต้น
การปกครองสมัยอยุธยาตอนกลาง ( 1991-2231) มีลักษณะดังนี้
ช่วงเวลาทางการเมืองสมัยอยุธยาตอนกลางได้มีการปฏิรูปเปลี่ยนแปลงการปกครองให้เหมาะสมกับสภาพการณ์ ทางการเมือง โดยมีสถาบันกษัตริย์เป็นหลักในการปกครองแบ่งได้ 2 ช่วง
ช่วงที่ 1 เป็นช่วงสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ ทรงปรับปรุงการปกครองใหม่เนื่องจากปัจจัยหลายๆอย่างเช่น เศรษฐกิจ ควบคุมหัวเมืองได้ไม่ทั่วถึง และเมืองลูกหลวงหรือเมืองหน้าด่านมีอำนาจมากขึ้น และมักแย่งชิงบัลลังก์อยู่เนืองๆ ประกอบกับอาณาเขตที่กว้างขวางกว่าเดิมพระองค์ได้จัดการแยก ทหารและ พลเรือนออกจากกัน และจัดการรวมอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลาง ทำให้ราชธานีมีอำนาจมากขึ้น มีการควบคุมเข้มงวดมากขึ้น มีการปฏิรูปการปกครองแยกเป็น 2 ส่วน คือส่วนกลางและหัวเมือง
สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถแยกการปกครองส่วนกลางเป็น 2 ฝ่าย คือ ทหารและพลเรือน ทหาร มี สมุหกลาโหมดูแล ส่วนพลเรือนมี สมุหนายก ดูแล
สมุหนายก มีอัครมหาเสนาบดีตำแหน่ง สมุหนายก ดูแล ข้าราชการฝ่ายพลเรือนทั้งในราช
สมุหกลาโหม มีอัครมหาเสนาบดีตำแหน่ง
สมุหพระกลาโหมเป็นผู้ดูแลฝ่ายทหาร ทั้งในราชานีและหัวเมือง และยังได้ปรับปรุงจตุสดมภ์ภายใต้การดูแลของ สมุหนายก อัครมหาเสนาบดีผู้ดูแลปรับเปลี่ยนชื่อเป็น ออกญาโกษาธิบดี
การปฏิรูปส่วนหัวเมือง แยกเป็น 3 ส่วน
หัวเมืองชั้นใน ยกเลิกหัวเมืองลูกหลวง จัดตั้งเป็นเมืองชั้นใน ทรงขุนนางไปครองเรียก ผู้รั้ง
หัวเมืองชั้นนอก คือหัวเมืองประเทศราชเดิม ถูกผนวกเป็นส่วนหนึ่งของอยุธยาเรียกว่า เมืองพระยามหานคร จัดการปกครองใกล้ชิด เช่น พิษณุโลก นครศรีธรรมราช เป็นเมืองชั้นเอก โท และตรี
เมืองประเทศราช คือเมืองชาวต่างชาติที่ยอมอยู่ใต้อำนาจ เช่น ตะนาวศรี ทะวาย เขมร ให้เจ้านายพื้นเมืองเดิมปกครอง ส่งบรรณาการและกองทัพมาช่วยเวลาเกิดสงคราม
ช่วงที่ 2 ตรงกับสมัยพระเพทราชา ถ่วงดุลอำนาจทางทหารโดยให้สมุหกลาโหม และสมุหนายก ดูแลทั้งทหารและพลเรือน โดยแบ่ง หัวเมืองใต้ ให้สมุหกลาโหมดูแลหัวเมืองทางใต้และพลเรือน ส่วนพลเรือนและทหารฝ่ายเหนือให้ สมุหกลาโหมดูแล
การปกครองสมัยอยุธยาตอนปลาย ( ใ นช่วง 2231-2310) มีลักษณะดังนี้
พอถึงสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ ครองราชย์ ทรงปรับเปลี่ยนอำนาจทางทหาร เพื่อถ่วงดุลมากขึ้นโดย ให้พระโกษาธิบดีหรือพระคลัง ดูแลทหารและพลเรือนทางใต้ แทนสมุหกลา-โหม ส่วนสมุหนายก ยังคงเหมือนเดิม การปรับปรุงเปลี่ยนแปลงการปกครองสมัยอยุธยาตั้งแต่ตอนต้นจนถึงตอนปลายนั้น กระทำเพื่อการรวมอำนาจสู่ศูนย์กลางให้มากที่สุด เพื่อถ่วงอำนาจ ระหว่างเจ้านาย และ ขุนนาง ไม่ให้เป็นภัยต่อพระมหากษัตริย์นั้นเอง
เข้าใจชัดแล้วใช่ไหมว่า ทำไมอยุธยาต้องปรับปรุงเปลี่ยนแปลงการปกครองค่อนข้างบ่อยเหตุผลก็เพื่อความมั่นคงของสถาบันกษัตริย์ที่เป็นหลักในการปกครองนั่นเอง
สรุป การปกครองสมัยอยุธยามีการปรับปรุงให้เหมาะสมกับสถานการณ์ทางการเมืองโดยมีจุดมุ่งหมายที่สำคัญคือพยายามรวมอำนาจการปกครองสู่ส่วนกลาง และควบคุมการปกครองหัวเมืองต่างๆให้มีประสิทธิภาพเพิ่มขึ้น พร้อมกับพยายามจัดรูปแบบการปกครอง เพื่อถ่วงดุลอำนาจกับกลุ่มเจ้านายและขุนนาง ซึ่งเป็นกลไกสำคัญในการปกครอง ดังนั้น สมัยอาณาจักรอยุธยาจึงเกิดการแย่งชิงอำนายทางการเมืองระหว่างพระมหากษัตริย์ เจ้านาย และขุนนาง ตลอดจนสิ้นอยุธยา
